Мусульмане из Аравийского полуострова колонизировали Могадишо около 900 г. Вскоре Могадишо стал региональным центром. В то время как большая часть земель Сомали бесплодная, земли вокруг Могадишо более приспособлены к сельскому хозяйству и могут прокормить больше жителей. Это также самая северная точка в Восточной Африке, где имеется удобная естественная бухта. Прибрежная длина гавани 2500 метров, есть причалы для приема и обработки относительно крупнотоннажных судов.
В 1500-е Могадишо находился под контролем Португалии. В 1892 султан Занзибара отдал город в пользование Италии. Италия выкупила город в 1905 и сделала Могадишо столицей Итальянского Сомали. Прилегающие территории перешли под контроль Италии в 1936. Вооруженные силы Великобритании, двигаясь из Кении во время Второй мировой войны, оккупировали город 26 февраля 1941. Британцы продолжали править городом до 1952, когда Италия вернула свой бывший протекторат. В 1960 Сомали получили независимость, а Могадишо стал столицей.
В 1991 году повстанческие войска под предводительством Мохаммеда Фарраха Айдида вошли в город и захватили его, заставив президента Мохаммеда Сиада Барре уйти в отставку и бежать в Нигерию, и тут же на радостях затеяли гражданскую войну, которая длится и поныне.
9 декабря 1992 военный контингент США высадился около Могадишо для подготовки высадки миротворческих сил ООН. Миротворческая операция в Сомали, однако, закончилась полным провалом в связи с тем, что войска ООН летом 1993 года начали непосредственно участвовать в гражданской войне. Недовольство местного населения и людские потери заставили американские войска покинуть Могадишо в 1994, а 3 марта 1995 Сомали покинули последние миротворцы из других стран.
С 1991 года порт практически не работал, за исключением короткого промежутка времени в 2006-м, когда власть в стране захватили исламисты и достаточно быстро навели элементарный порядок. Однако к концу 2006 года исламистов скинули, и порт опять прекратил свое существование. В порту черт знает, что творилось. И в самом городе. Кто-то откуда-то набегал, стрелял всех кто подвернется, палил по городу и порту из всех видов оружия, в том числе орудий и гранатометов, и затем скрывался.
С января 2008 руководство портом и его охрану взяла на себя Миссия Африканского Союза в Сомали African Union Mission to Somalia (AMISOM), и наконец, там воцарился порядок. Круглосуточно порт обрабатывает суда с грузом, как правило, гуманитарной помощи, идущим из портов Дубай и Момбаса, портов Индии и Пакистана. Порт охраняется по периметру вооруженными до зубов солдатами миссии, на акватории порта и в море патрулируют лодки с установленными на них тяжелыми пулеметами. Все патрули, водные и наземные, имеют рации, связь поддерживается постоянно.